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農林水産省は、2025年4月4日、畜産分野における指示書に基づく動物用医薬品の投薬業務をデジタル化した電子指示書システムの運用を開始した。2024年度より運用している「飼養衛生管理等支援システム」の新機能。新システムには以下の特長がある。

• ペーパーレスで業務が軽減できる
• スマートフォン、パソコン、タブレットで指示書の作成、送付、内容確認、差し戻し、修正ができる。生産者は獣医師からの指示書をペーパーレスで販売店に提出できる。投薬の記録が簡単に入力・保管できる。
• 記録管理がシステム上でできる
• 指示書、動物用医薬品の使用記録、動物用医薬品の販売記録の管理がシステム上で一括管理できる。
• 情報の分析ができる
• 全国で発行された指示書情報の集計、分析ができ、全国・都道府県の平均算出、自分の診療所や農場との比較などができる。獣医師にとっては、具体的なデータに基づいた指導が行えるようになる。

電子指示書システムのことをまとめた農林水産省Webサイト「電子指示書システムの利用申請をお考えの皆様へ(対象：畜産分野)」には、申請の仕方、利用までの流れのほか、「診療所・獣医師」「生産者」「販売店」3者それぞれに対してのマニュアル、研修動画、Q&Aが掲載されており、スムーズに使用開始できるように配慮されている。またコールセンターも開設されている。

4月21日時点で400件を超えるアカウントが申請されているとのこと(家畜衛生週報3850号、令和7年4月28日)。