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農研機構は、2023年シーズンの高病原性鳥インフルエンザ(HPAI)ウイルスについて、家禽から分離された10株のH5N1亜型および1株のH5N6亜型HPAIウイルス計11株の全ゲノム解析を行い、2種類の遺伝子型(H5N1亜型10株はG2d-0、H5N6亜型1株はG2c-12)に分類されることを明らかにした(参照：農研機構プレスリリース「2023年シーズン高病原性鳥インフルエンザウイルスの特徴」)。2023年シーズンは、2023年11月25日から2024年4月29日の間に家禽飼養施設で11例のHPAIが発生し、国内では初めて4シーズン連続の発生となっていた。

そのうち遺伝子型G2d-0は2021年と2022年シーズンにも国内で検出されており、3シーズン連続での検出であった。G2c-12は2023年シーズンに新たに検出された遺伝子型で、一部の遺伝子分節が国外の野鳥由来の鳥インフルエンザウイルスに由来していた。鳥インフルエンザウイルスは、カモなどの野鳥集団で感染を繰り返して生存を維持し、渡りに伴い国内に侵入すると推察されている。2023年シーズンに検出されたG2c-12のウイルスも同様に、ウイルスが野鳥集団で感染を繰り返すことで、遺伝子再集合が起こり出現した可能性がある。夏季の間に国内の家禽や野鳥からウイルスは検出されていないことから、国内に同じ遺伝子型のウイルスが残っている可能性は極めて低く、国内発生と同時期に国外(韓国)の家禽から、同じ遺伝子型のウイルス(G2d-0、G2c-12)が検出されていることからも、これらのウイルスは2023年シーズンに渡り鳥によって両国に運ばれてきたと推測される。

一方、環境省が2023年10月4日から2024年4月30日までに回収・採取した156事例の野鳥、野鳥糞便及び湖沼の水などの環境試料からは、H5N1亜型およびH5N6亜型に加え、H5N5亜型のHPAIウイルスが検出されている。そのうち、これまでに農研機構で解析した50事例の検体からは、家禽由来ウイルスと同じ2種類の遺伝子型に加えて、さらに2種類の遺伝子型(G2a-2とG2d-4：ともにH5N5亜型)を検出した。したがって、2023年シーズンは少なくとも4種類の遺伝子型のウイルスが国内に侵入していたことが明らかになった。

また、発生事例の家禽から分離した2種類の遺伝子型の代表ウイルス株について、鶏の自然感染経路である経鼻接種による感染実験を行ったところ、いずれも鶏に対して高い致死性を示し、遺伝子型による差異はなかった。なお、2023年シーズンに分離された株の推定アミノ酸配列解析の結果、一部のウイルスを除いて抗ウイルス薬への耐性および哺乳類でのウイルス増殖に関連する変異は見つかっておらず、これらのウイルス株が直ちにヒトでの流行を引き起こすリスクは低いと考えられる。

2023年シーズンの家禽飼養施設での発生事例数は前シーズンの84事例と比較して大幅に減少したものの、野鳥での検出事例数は過去4シーズンの中で2番目に多いものであった。HPAIウイルスの全ゲノム解析により、2023年シーズンの家禽由来ウイルスは国内に飛来する野鳥集団で維持されており、野鳥および野鳥の生息環境中のウイルス濃度の高まりが4シーズン連続発生の一要因となったことが推測された。